異なるID体系で管理された医療情報を突き合わせるための識別子。医療機関、薬局、地域医療ネットワークなどの組織が持つそれぞれの患者・利用者の識別子を結びつける役割を果たす。例えば、地域医療ネットワークの管理用ID、医療保険の機関別符号をそれぞれ医療等IDと1対1対応させた上で、地域医療ネットワークと医療保険の連携に医療等IDを用いることが考えられている。

　医療等IDに関連する法制度や関係制度のあり方については、日本医師会、日本歯科医師会、日本薬剤師会が2014年11月に「医療等IDに係る法制度整備等に関する三師会声明」を公表（三師会声明：PDF）。その中で、「マイナンバーとは異なる医療等IDの必要性」「医療情報そのものを保護対象とした法整備が必要」「医療情報の二次利用・突合は厳しく制限するべきである」「個人番号（マイナンバー）を医療の現場で利用するべきではない」など、医療等IDによる医療のICT化推進では医療にかかわる個人情報の保護を最も重視すべきであるという考え方を強調している。

　この声明を公表した後、日本医師会は「医療分野等ID導入に関する検討委員会」を設置。2015年11月の時点で「1人に対して目的別に複数のIDを付与できる仕組みとする」「本人の希望に応じて、一定制限の中で知られたくないと思った場合や忘れたいと思った場合に名寄せや検索ができないなど、情報をコントール可能な仕組みにする」「患者同意を原則として、それぞれの医療等IDでの情報の突合が可能な仕組みとしておく」「医療等IDを発行する根拠に関する法整備、医療等IDの変更事由方法や運用・保護状況を監視・監督する機関などの法整備を行う」という方針をまとめている。

　医療等IDの実施スケジュールについては、厚生労働省の担当官である高木有生氏が2015年11月に開催された第35回医療情報学連合会のシンポジウムにおいて「2018年度末から段階的に運用を開始し、2020年には本格的に運用する予定だ」という見通しを述べている（関連記事「仕組みが固まりつつある医療分野の番号制度」）。