セルフメディケーション税制は、特定のスイッチOTC医薬品（要指導医薬品と一般用医薬品のうち、医療用から転用されたもの）を購入した際、その購入費用について所得控除を受けられる制度。医師の処方が必要な医療用医薬品を、適切な健康管理のもとドラッグストアなどで購入できるOTC医薬品で代替することを促す制度で、2017年1月1日に施行された。
セルフメディケーションとは「自分自身の健康に責任を持ち、軽度な身体の不調は自分で手当てすること」（WHO）を意味する。セルフメディケーション税制は、国民に自発的な健康管理や疾病予防を促すとともに、これを通じて医療費を適正化することを狙ったものだ。
この制度では2017年1月1日～2021年12月31日において、自分および自分と生計を一にする家族にかかわって、対象となるスイッチOTC医薬品の年間購入額が1万2000円を超えた場合に、超えた分の金額（上限8万8000円）がその年の課税所得から控除される。従来は年間の医療費の合計が10万円を超えた場合に医療費控除の対象となったが、セルフメディケーション税制の所得控除はこれに該当しなくても適用される。この意味から「医療費控除の特例」との別名が与えられている。
セルフメディケーション税制の適用には、健康の維持増進や疾病予防について「一定の取り組みを行う個人」（厚生労働省）との条件がある。具体的には、特定健康診査や予防接種、定期健康診断、健康診査、がん検診などのうち少なくとも1つを受けていることが条件で、それを証明する領収書または結果通知表の提出が求められる。
対象となるスイッチOTC医薬品は、2017年1月17日時点で1577品目が指定されている。それらの薬効の例として厚生労働省は、かぜ薬や胃腸薬、鼻炎用内服薬、水虫･たむし用薬 、肩こり･腰痛･関節痛の貼付薬などを挙げている。対象品目は同省のホームページに掲載されているほか、一部製品のパッケージにはこの税制の対象であることを示す識別マークが記載されている。スイッチOTC医薬品はその有効成分が定められており、2017年1月13日時点で有効成分は83種類。
