当時，鉄道各社は磁気を使った自動改札機の利用を始めていた。関西の私鉄などが先駆け，JR東日本も1990年から順次導入した。ただし，それらは従来の切符や定期券に磁気データを加えたものが前提で，プリペイド式の乗車券はまだ例がなかった。進取の気性に富んだJR東日本は，プリペイド式の実用化で業界一番乗りを目指した。それどころか，非接触ICカードも併せて導入するはずだった。鉄道総研は，磁気改札機に非接触ICカードのリーダー/ライターを追加する計画を練っていた。このシナリオはもろくも崩れ去った。
伊賀はすぐさま鉄道総研に乗り込み，三木に噛み付いた。
「これで少なくとも10年は，JR東日本が非接触ICカードを採用する見込みはなくなった。事業化できない開発を継続するのは難しい」
三木も苦しい立場にいた。実はJR東日本は，三木にこう要請していた。「現時点でICカードは信頼性に不安があり，完成はまだ先だという。だが，いつか磁気カードはICカードに置き換わる。ICカードの研究は継続してほしい」。
このとき三木が「いや，あと2年あればモノになります」とでも主張していれば，歴史は変わったのかもしれない。しかし，社会の公器を預かるJRグループで，確固たる裏付けのない発言が許されるはずはなかった。
「何とか，開発は続けてもらえませんか。将来，磁気カードがICカードに置き換わる日はきっと来ます」。
三木の説得を受けた伊賀は，共同開発の継続をかろうじて約束した。けれども開発体制の縮小は避けられなかった。既に実用化した入退出管理システムは，研究所から事業部へ技術の移管が進んでいた。次なる用途が見えない以上，研究開発に多くの人数は割けない。チームのメンバーは一人減り，二人去った。中心にいた日下部自身，徐々にICカードから遠ざかった。日下部は，あきらめたわけではない。他の開発で確保した予算の一部を流用し，鉄道総研とともに細々と ICチップの改良を続けた。
